ニホンウナギは平成26年に絶滅危惧ⅠB類としてレッドリストに掲載され、持続的利用が危ぶまれる貴重な天然資源にもかかわらず、ウナギの漁業生産はほとんど天然種苗（シラスウナギ）に依存せざるを得ない状況です。持続的な漁業生産を可能とする天然資源の涵養や、人工シラスウナギの量産化が求められています。
(1) 資源減少と貿易リスク
　海洋環境の変動や、親ウナギ・シラスウナギ（ニホンウナギの稚魚）の過剰な漁獲等により資源が減少しています。また、シラスウナギの国内採捕量は変動が大きく、中国・台湾からの輸入にも依存している状況です。しかし、ニホンウナギがワシントン条約の付属書Ⅱに掲載された場合、アジア諸国からの輸入ができなくなります。養鰻業者等の経営はより不安定になります。
(2) 国際的な池入れ規制
　国際的な資源管理を目的として、ニホンウナギ利用の主要国である日本、中国、韓国、台湾の4国間で、H24年に協議を開始しました。H26年に4国において共同声明が発出され、各国のシラスウナギの池入れ量に制限が設けられました（日本は年間21.7t）
(3) 密漁や下りウナギの漁獲
　採捕許可を持たない密漁者や、産卵に向かう下りウナギを漁獲する漁師が相応数いることで、資源の減耗に繋がっています。
(4) ウナギ生息環境の改善
　ウナギにとって好適な河川環境の保全・再生、石倉かごの効果検証等を通して、天然ウナギの保護に取り組んでいます。
(5) ウナギ種苗（シラスウナギ）生産技術開発
　平成22年にニホンウナギの完全養殖に成功し、平成28年には計画的な採卵と年間数千尾のシラスウナギの生産が可能となりましたが、量産化（年間数千万尾）には至っていません。